Massenspektren < Biologie < Naturwiss. < Vorhilfe
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(Frage) beantwortet  | | Datum: | 14:33 Mi 10.08.2011 | | Autor: | tAtey |
Hallo!
Habe mal eine Frage,
habe ein Massenspektrum (mittels MALDI-TOF) mit 2 verschiedenen Massen erhalten. 3332 und 3350.
3332 ist meine gewünschte Masse!
Habe nicht so die Ahnung von MS, deswegen versteh ich das ganze nicht so. Hab gelesen, dass Fragmentionen entstehen können, jedoch wird da immer auf M (Masse) - X hingewiesen, in meinem Fall ist ja eine Masse von 18 ZU VIEL! 18 wäre ja Wasser. Kann das daran liegen, dass meine Substanz hydratisiert ist oder wie kann man sich das erklären?
Über Hilfe würde ich mich freuen!
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(Antwort) fertig  | | Datum: | 15:59 Mi 10.08.2011 | | Autor: | leduart |
hallo
man müsst mehr über die Unterlage in deinem spektrometer wissen, mir bekannt ist die anlagerung von H^+ öder Na^+ sicher ist auch H_2O möglich. gibts nicht ne beschreibung zu deinem MSp.? da sollten die möglichen anlagerungen beschrieben sein.
wenn du zu wenig weisst siehe http://multimedia.mcb.harvard.edu/anim_spectometer.html
Gruss leduart
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(Frage) überfällig  | | Datum: | 16:31 Mi 10.08.2011 | | Autor: | tAtey |
Weiß nicht genau, was du mit Unterlage meinst?!
Als Matrix habe ich 4-HCCA verwendet.
Wenn meine gewünschte Masse 3330 ist, ich habe 3331-3332, dann ist das ja der normale Basispeak, weil Masse des Protons noch dazu gezählt wird.
Wenn ich dann noch 3350 habe, dann kann das ja kein Addukt sein, dass das Protein dissoziiert ist oder so, dann wäre die Masse ja kleiner.
Mein Protein war in 0,05 % Essigsäure gelöst, habe das mit Trifluoressigsäure gemischt. Kann es sein, dass das H2O daher kommt?
Denn andere Proben, die nicht in Essigsäure gelöst waren, sondern eingetrocknet wurden und dann in Trifluoressigsäure gelöst wurden, zeigten nur den Peak bei 3332 und nicht bei 3350 (und wenn, dann einen wesentlich kleineren!). Wäre das eine Erklärung?
Und noch eine Frage, habe die Massenspektren zugeschickt bekommen (habe selber nicht gemessen, sondern nur vorbereitet!) und die y-Achse ist leider nicht beschriftet außer mit Zahlen bis 1250. Welche Einheit sollte da normalerweise stehen?
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(Antwort) fertig | | Datum: | 16:46 Mi 10.08.2011 | | Autor: | ONeill |
Hi!
Also aus chemischer Sicht (von Bio habe ich allerdings nicht die größte Ahnung) halte ich die Möglichkeit des angelagerten Wassers für durchaus sinnvoll, schon alleine weil du im wässrigen Milleu arbeitest.
Auf der y-Achse wird für gewöhnlich eine Intensität (in Prozent) bzw counts des Detektors aufgetragen. In der Chemie wird der Basispeak mit 100 % deklariert und alle anderen Peaks im Verhältnis dazu gezählt.
Gruß Christian
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(Frage) beantwortet | | Datum: | 16:51 Mi 10.08.2011 | | Autor: | tAtey |
Also, wenn da 1250 steht, dann sind das counts?
Wie könnte ich denn die Achse beschriften?
Hab in anderen Massenspektren mal geschaut und a.u. gefunden. Sind das Atomare Einheiten? Wie lässt sich das erklären?
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(Antwort) fertig | | Datum: | 17:16 Mi 10.08.2011 | | Autor: | ONeill |
Hi!
> Also, wenn da 1250 steht, dann sind das counts?
> Wie könnte ich denn die Achse beschriften?
Kann ich dir nicht zweifelsfrei beantworten, aber das wäre meine Vermutung. Du könntest das Spektrum mal hochladen oder mir zuschicken (Detaills per PN).
> Hab in anderen Massenspektren mal geschaut und a.u.
> gefunden. Sind das Atomare Einheiten? Wie lässt sich das
> erklären?
a. u. ist die Abkürzung für arbitrary unit und bezeichnet eine art willkürliche Einheit. Finde ich persönlich nicht besonders schön, wird aber gerne verwendet, wenn man zwei verschiedene Diagramm übereinander legt und die y-Achsen gegeneinander verschiebt, falls sich Inhalte überlappen.
Gruß Christian
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(Mitteilung) Reaktion unnötig  | | Datum: | 17:30 Mi 10.08.2011 | | Autor: | tAtey |
[Dateianhang nicht öffentlich]
Durch Zoomen hab ich grade erkannt, oder vermute es, dass sogar auf der y-Achse a.u. steht! Hoffe man kann das alles gut erkennen!
Das ist ein Zoom, da man sonst beide Peaks nicht gut erkennen konnte!
Dateianhänge:
Anhang Nr. 1 (Typ: jpg) [nicht öffentlich]
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(Antwort) fertig | | Datum: | 12:12 Fr 12.08.2011 | | Autor: | rainerS |
Hallo!
> Also, wenn da 1250 steht, dann sind das counts?
> Wie könnte ich denn die Achse beschriften?
Relative Intensität. Das a.u. steht wohl für "arbitrary units".
Die im Massenspektrum angezeigte Intensität ergibt sich aus den Counts zu einer bestimmten Masse. Dieser Wert hängt nur sehr lose mit der tatsächlichen Menge des Proteins in der Probe zusammen und ist keinesfalls für quantitative Aussagen geeignet.
Viele Grüße
Rainer
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(Mitteilung) Reaktion unnötig | | Datum: | 17:20 Fr 12.08.2011 | | Autor: | matux |
$MATUXTEXT(ueberfaellige_frage)
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(Frage) beantwortet | | Datum: | 15:15 Do 11.08.2011 | | Autor: | tAtey |
Und wisst ihr, weshalb man die Proben mit ziptip behandelt? Und was das genau bedeutet?
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(Antwort) fertig | | Datum: | 15:55 Do 11.08.2011 | | Autor: | leduart |
Hallo
i.A. sind die Zählraten vertikal aufgetragen, da es ja meist nur auf das verhältnis der enthaltenen Massen ankommt , kann man aber auch beliebige einheiten oder vielfache der zählraten nehmen.
zu ziiptip und dem MALDI_TOF siehe
http://www.lajollaneuroscience.org/sr/delta.ljcrf.edu/proteomics/ZiptipProtocols.html
Gruss leduart
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